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藻类的快速生长称为水华。当一个湖泊或池塘中水里的营养物质如氮、磷等过度增加，将造成水体富营养化。水体富营养化会加快藻类生长速度。某些自然事件和人类的活动都会增加水体富营养化的速度。例如：农民在田间施肥，一些工业废水、家庭废水和一些设计拙劣或老化的化粪系统使养分渗漏到土壤中，随土壤地表水最终流入湖泊和池塘，导致藻类的快速生长，形成水华。湖泊或池塘中，藻类的快速生长挡住水表层以下的植物所需阳光，那些生物会死亡并沉到水的底部。然后如细菌等生物就会降解死亡的植物的厂体，并大量繁殖。水中的氧气很快被细菌耗尽，鱼和水中的其他生物会因缺氧而死亡。仅存的生命就是生活在水面上的藻类。海洋也会因为藻类的大量繁殖而形成赤潮。
