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自然保护区按功能划分为核心区、缓冲区和实验区。核心区是区内保存完好的天然状态的生态系统及珍稀、濒危动植物的集中分布地；缓冲区只准从事科研活动；实验区可开展旅游活动。

崇明岛位于长江入海口，是我国第三大岛，为亚太候鸟南北迁徙通道上的重要驿站，也是我国东部沿海的重要水禽越冬地，已成为周边地区生态旅游目的地。下图为崇明岛生态旅游资源分布示意图。