伊塞克湖水面海拔1 600余米,湖水清澈,味咸,终年不冻。由于地理位置特殊,成为候鸟迁徙、过冬、繁殖之地。1948年建立了伊塞克湖野生动物保护区。分布在伊塞克湖湖盆区内东西两侧的平原低地是吉尔吉斯斯坦的重要产粮区和畜牧区。