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清源山全区内共有野生维管束植物145科487属750种，陆生脊椎动物有25目65科179种．昆虫种类有21目155科592种，具有较高的物种多样性．野生植物资源中，有国家二级保护的香樟、花榈木、水蕨等．野生动物中有国家一级重点保护的蟒蛇，国家二级重点保护的虎纹蛙、黑鸢、赤腹鹰等23种，昆虫有国家保护的中国宽尾凤蝶、大乌柏蚕蛾等；