玉米籽粒的颜色由位于Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ四对同源染色体上的四对等位基因(A和a、B和b、C和c、E和e)控制，其中基因A和a、B和b控制籽粒的有色和无色性状，且两对基因均为显性基因时籽粒才表现为有色，其他情况均为无色。基因C控制籽粒黄色，基因c控制籽粒红色，基因E控制籽粒紫色，基因e控制籽粒黑色。C和c、E和e两对基因存在同时显现的特点，即同一果穗上同时出现黄色(或红色)籽粒和紫色(或黑色)籽粒，例如：在籽粒有色的前提下，基因型为CcEe的玉米果穗表现为黄紫相间。