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2020年8月3日，党中央决定开展“共和国勋章”和国家荣誉称号评选颁授。钟南山被提为“共和国勋章”建议人选。

钟南山院士长期致力于重大呼吸道传染病及慢性呼吸系统疾病的研究、预防与治疗，成果丰硕，实绩突出。2003年，作为中国抗击非典型肺炎的领军人物，在非典型肺炎猖獗的非常时期，钟南山院士不但始终在医疗最前线救死扶伤，还积极奔赴各疫区指导开展医疗工作，建议全国展开PM2.5监测。因功勋卓著，荣获全国“五一劳动奖章”，同时被广东省荣记特等功，被广州市授予“抗非英雄”称号。新冠肺炎疫情发生后，钟南山院士临危受命，出任国家卫健委高级别专家组组长。2020年1月18日傍晚，84岁的他还是义无反顾地赶往武汉防疫最前线。从广州到武汉再到北京，实地了解疫情、研究防控方案、解读最新情况……敢医敢言，提出存在“人传人”现象，强调严格防控，领导撰写新冠肺炎诊疗方案，在疫情防控、重症救治、科研攻关等方面作出杰出贡献，荣获国家科学技术进步奖一等奖和“全国先进工作者”“改革先锋”等称号。

2020年8月11日，国家主席习近平签署主席令，授予钟南山院士“共和国勋章”。