百山祖国家森林公园物种丰富。2020年，曾被宣布灭绝的国家Ⅱ级保护动物阳彩臂金龟在此多次重现；2021年，再次新发现两栖动物新物种百山祖角蟾和大型真菌新物种近蓝紫丝膜菌。