作为一所传染病医院,火神山医院对各项防护措施的要求近乎苛刻。院区内设置了清洁区、半污染区、污染区及医护人员专用通道和病人专用通道,严格避免交叉感染。病房设计上,专用的隔离防护窗用于物品传递;医院绝大部分房间是内部压力低于外部的负压房间,避免病毒随气流流出。覆盖整个院区的防渗膜确保污染物不会渗透到土壤水体中,雨水、污水经过两次氯气消毒处理达标后才可排放,所有房间空气均经过消毒杀菌及高效过滤达标后才高空排放。