顺治二年（1645年），恢复元世祖牌位，增加辽太祖、金太祖、金世宗、元太祖等北方少数民族的开创之主入祀，入祀先代帝王达21位；顺治十七年将辽太祖、金太祖、元太祖罢祀

康熙帝即位之初，将辽太祖、金太祖、元太祖重新增祀；康熙六十年（1721年）“凡曾在位，除无道、被裁、亡国之外，应书庙崇祀”，各代帝王计143人

雍正帝认为祭祀不仅要知“创业之维艰”，也要知“守成之不易”，入祀帝王增至164位

乾隆元年（1736年）增祀明建文帝入帝王庙；四十九年谕令增祀两晋南北朝及唐末五代时期有为之君；至五十年，正式确定增祀晋元帝等二十五帝，撤出原祀汉桓、灵二帝，总计奉祀历代帝王共188帝。至此，历代帝王庙入祀标准及规模得以最终定型