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水生植物是湖泊水生态系统的重要组成部分，主要分布在湖泊沿岸和水深小于2m的水域。邛海位于横断山区，西临西昌城区，湖盆坡度变化较大，湖岸有淤泥质滩涂分布。该湖泊生物多样性指数较高，尤其是北部湖湾甲处水生植物最为丰富。海河是邛海唯一出水口，2002年修建海河闸后，邛海水位抬升，湖区整体水生植物量下降。图示意邛海的水系。