玉米为异花授粉作物，具有95%以上的天然异交率，天然自交率仅占5%左右。选育玉米杂交不亲和系，研究其遗传特点在生产中有重要意义。已知复等位基因Gs、Gm和g是控制玉米杂交不亲和的基因，现用SSR(简单序列重复)进行扩增，非同源染色体SSR重复的序列不一样，比如有的染色体是CA重复，有的是CT重复；不同种类同源染色体的SSR重复的序列也不一样。