阅读材料，完成下列要求。

陈先生与李某经协商签订《房屋转让合同书》约定：李某将一套房屋卖给陈先生，陈先生支付给李某房款20万元，违约金1万元。合同签订后，陈先生当即将所有房款交付李某，但到了合同规定的期限，李某仍未将房子交付。于是，陈先生将李某告上法庭，请求法院判令李某交付房屋，并办理房屋过户手续，支付违约金1万元。李某辩称，他与陈先生还未到房产管理部门办理房屋转让登记手续，因此该合同还未生效，自己不用承担违约责任，只须退还陈先生的房款及利息。最后，法院依法支持陈先生的全部诉讼请求，要求李某办理房屋过户手续，并支付违约金1万元。

结合材料，运用所学知识，分析法院判决李某向陈先生支付1万元违约金的理由。