营养缺陷型菌株是指野生型菌株经过人工诱变或自然突变失去合成某种营养的能力，只有在基本培养基中补充所缺乏的营养因子后才能生长的菌株，包括氨基酸缺陷型菌株、维生素缺陷型菌株和碱基缺陷型菌株等。筛选营养缺陷型菌株的常规步骤为：诱变育种→淘汰野生型→检出缺陷型→鉴定缺陷型。