乡镇村屯生活污水、养殖业污染物的直排，以及种植业化肥、农药的过量施用导致水源污染问题突出。特别是近年养殖业快速发展，养殖业排污量已超过居民生活排污量。2013年，沿海三市及玉林市南流江流域生猪养殖量约为1403万头，化学需氧量排放量达17.57 万吨。大量水源污染物通过独流入海和河流携带入海，是近岸海域水质下降的主要原因。南流江、钦江、茅岭江等

3条河流是携带入海污染物量最大的河流，携带入海污染物量约占河流携带入海污染物总量的60%～70%。受此影响，近岸海域水质超标区域主要集中在廉州湾、茅尾海、钦州湾等海域。