以下是制作酸奶的生物化学过程：将适宜的菌种接种到牛奶中，产生的乳酸使牛奶蛋白凝聚形成浓稠的酸奶。酸奶的发酵剂中含有大体等量的两种细菌（保加利亚乳杆菌和嗜热链球菌）。保加利亚乳杆菌在无氧条件下分解牛奶中的乳糖产生乳酸，还产生多肽酶，将牛奶蛋白分解成多肽和氨基酸；这些反应会刺激嗜热链球菌生长，产生二氧化碳和甲酸，使得发酵液的pH降低，这又会促进保加利亚乳杆菌的生长和代谢。