蛋白水解酶分内切酶和外切酶2种，外切酶专门作用于肽链末端的肽键，内切酶则作用于肽链内部特定区域，若蛋白酶1作用于苯丙氨酸(C₉H₁₁NO₂)两侧的肽键，蛋白酶2作用于赖氨酸(C₆H₁₄N₂O₂)氨基端的肽键，某四十九肽经酶1和酶2作用后的情况如图。