第三代杂交水稻是指以普通隐性核雄性不育系（基因型为aa）为母本，常规品种（基因型为 AA）为父本配制而成的新型杂交水稻。普通隐性核雄性不育系与光温敏核雄性不育水稻比较，普通隐性核雄性不育系在任何时期都是不育的，不因环境改变而改变。国家杂交水稻工程技术研究中心构建了普通核不育性可育基因A、红色荧光基因R和花粉不育基因S（含S基因的花粉不育）连锁表达的三元载体。使用该三元载体转化普通核不育突变体（不育系，基因型为aarrss）得到育性恢复正常的植株（繁殖系，基因型为AaRrSs）繁殖系自交可以获得不育系和繁殖系，不育系可用于育种，繁殖系则可用于生产不育系。
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